全称二种种子。真言之阿等一字，生无量之义，譬如草木之种子，故称种子。瑜祇经疏卷二（大六一·四九五上）：“佛部以 （阿）为种子，成率都婆；莲花部以 （啰）为种子，成八叶莲花（中略）若秘密法品以 （娑）为莲花部种子；金刚部以 （嚩）为种子，成五[月*古]金刚。”
唯识家言，种子是由前七转识熏习所成，与能、所熏不可分割（前七识为能熏，第八本识为所熏），而表现为体与相、因与果之关系。亦即种子依附在本识体上，成为本识相分之一分；同时种子随逐本识潜滋暗长，一遇现缘引发，便腾跃而生，现起转识，是之谓由种子生起现行。譬如人体之行动，口中之语言，心里之意想，都能印在心中，称为业，或称种子，遇缘之助力即能发起现行。
(一)约唯识宗言，依种子之性质，分为二类：(1)名言种子，系依名言熏习第八识之种子，乃为一切善恶诸法显现之亲因缘。(2)业种子，第六意识善恶业之种子，具有助长其他羸弱、无记种子现行之功能。
(二)依种子之生起而分，有二，即：(1)本有种子，即无始以来，在第八识中产生蕴处界之功能者。(2)新熏种子，即无始以来，由现行之前七识，熏习第八识后所聚集染净之种子。
(三)依漏之有无，复可分为有漏种子与无漏种子二种。［成唯识论卷八］（参阅“种子”5863） p221