即相对于显教所诠释五大为有为无常之法；于密教则以五大为诸法之本体所立之法，系如来之三昧耶身。三昧耶，为本誓、标帜之义；即以地、水等五大标帜法身如来无相三密之妙境界内容，以及法身之本誓；此即所谓密号名字。密教胎藏界以五大色法为大日如来之理法身。其种子为 （a，阿）、 （vi，尾）、 （ra，罗）、 （hūj，吽）， （khaj，欠）等，或 、 （va，嚩）、、 （ha，诃）、 （kha，佉）等，即五方五佛之种子。亦即以此五大配于五方之五佛。唐代善无畏译之尊胜仪轨载，以地、水、火、风、空顺次配当东、西、南、北、中，即始觉上转之修生金刚界东因之义。唐代不空译之宿曜经，则以空、风、火、水、地配东、西、南、北、中，即依本觉下转之本有胎藏界中因之义。此二种说法之图示、解说如下：
(一)尊胜仪轨之义
尊胜仪轨之五大乃依“东因发心”之义：(1)地大，配东方阿閦，为发心之位；即以修生之菩提心为因，生起大悲之万行，犹如地为生万物之根本；又菩提心坚固不动如地，故阿閦之标记为不动。其大圆镜智之任持一切诸法与地之能任持万物相应；位于东方，表示修生之始；黄色为不变色，即与菩提心之不变相应。(2)水大，配西方弥陀，为成菩提之位；此菩提心之自性清净及无量光之究竟圆明，犹如水之圆明。其妙观察智、说法断疑之德，犹如水之能洗涤尘垢；位于西方，与行证之终极相应；白色与无量光相应。(3)火大，配南方宝生，为修行之位；以其修成万行，犹如火热能成熟万物；其平等性智，断灭一切虚妄差别，使之平等一如，犹如火之能烧尽万物。(4)风大，配北方不空成就，为入涅槃之位；即表示涅槃之寂灭万物，犹如风大之能破坏万物；位于北方，与涅槃之高位相应；黑色与涅槃之幽然深妙相应。(5)空大，配中央大日，为方便究竟之位；表示大日圆成四德，含容自利利他之一切功德，犹如虚空之含容一切万象。其法界体性智之周遍法界，广大无边，亦同此意；位于中央，与周遍法界相应；青色与含容一切相应。
(二)宿曜经之义
宿曜经之五大乃依“中因发心”之义：(1)地大，配中央大日，为发心之位；此乃表示以本有之菩提心，坚固不动，为诸法本源之体性，其性犹如大地；亦如法界体性智之为诸法本源；黄色与菩提心之不变相应。(2)空大，配东方阿閦，为修行之位；修万行，行行圆具而无缺少，犹如虚空之含容万物；亦如大圆镜智之含容万象；其为东方者，以东方为万物之始，故与万行之始相应；青色含容五色，故与含容万行相应。(3)风大，配西方弥陀，为涅槃之位；阿弥陀意译无量光，乃表示涅槃之德；其妙观察智、说法断疑生信之功用，与风大之能杀能成二德相应；相对于东方为万物之起首，西方则为万物之终归，意即涅槃；白色与无量光相应。(4)火大，配南方宝生，为成菩提之位；以其万行成熟，开菩提之花，犹如火热之于草木；故配于南方为赤色。(5)水大，配北方不空成就，为方便究竟之位；此以利他之方便成就利他之妙业，能应众生之机，断除迷妄，犹如水之方圆随器，能洗涤尘垢；北方，印度之俗为胜方，故与究竟位相应；黑色为染色之至极，与究竟位之至极相应。［大日经卷三悉地出现品、卷五阿阇梨真实智品］（参阅“中因发心”1017、“东因发心”3295、“阿字五转”3613） p4486